Rahandusministeeriumi finantskontrolli osakonna (FKO) ülesandeks on mh täita auditeeriva asutuse ülesandeid ehk auditeerida Euroopa Liidu toetust ja välisabi taotlevate, saavate, kasutamist korraldavate ja järelevalve eest vastutavate isikute tegevust. Seda funktsiooni täidab FKO koostöös rakendusasutuste ja –üksuste siseauditi üksustega, kellega FKO-l on sõlmitud vastavasisuline koostöökokkulepe.
FKO on funktsionaalselt sõltumatu üksus, mis võib vastavalt oma aasta tööplaanile auditeerida kõiki välisabi rakendussüsteemi tasandeid ning teavitab OLAF-it tuvastatud rikkumistest. Osakond ei osale välisabi rakendussüsteemi juhtimisprotsessis, maksete teostamise protsessis ja muudes ülesannetes, mis võib kahjustada audiitorite objektiivsust.
